1.非直接销售和自用房地产的收入确定
(1)房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：
①按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;
②由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
2.房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
3.其他：
(1)扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证;不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
(2)与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通信等公共设施，按以下原则处理：
A.建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除;
B.建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除;
C.建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
(3)销售已装修的房屋的装修费用可以计入房地产开发成本。房预提费用，除另有规定外，不得扣除。
4.在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。